Niemcy, atakując Polskę 1 września 1939 roku, od samego początku nie planowały ustanowienia na podbitym terytorium żadnego protektoratu lub rządu satelickiego wobec III Rzeszy złożonego z kolaborujących Polaków.
Kierunek takiej polityki wyznaczył Adolf Hitler, wypowiadając w 1939 roku znamienne słowa: „Tylko naród, którego warstwy kierownicze zostaną zniszczone, da się zepchnąć do roli niewolników”. Plany Hitlera wobec Polski były niczym innym tylko de facto kontynuacją polityki innego kanclerza, Otto von Bismarcka, który w jednym z listów z 1861 roku szczerze napisał, jaki jest jego stosunek do Polaków:
„Bijcie Polaków, ażeby o życiu zwątpili. Mam wielką litość dla ich położenia, ale jeśli chcemy istnieć, to nie pozostaje nam nic innego, jak ich wytępić. Wszak wilk nie jest temu winien, że Bóg go stworzył takim, jakim jest, i zabija go też za to każdy, kto tylko może”.
Jeszcze podczas trwania kampanii wrześniowej, 7 września 1939 roku, podczas pierwszej narady szefów głównych urzędów policyjnych i dowódców operacyjnych, która odbyła się w Berlinie, ustalono, że „Dla Polski nie jest przewidziany żaden rząd protektoratu, lecz całkowicie niemiecki zarząd (…) Przywódcza warstwa ludności w Polsce powinna zostać w takim stopniu, jak to jest możliwe, unieszkodliwiona”.
W ten sposób cała wyższa warstwa społeczeństwa polskiego stała się zbędna dla nazistów i postanowili się jej pozbyć.
Zniszczyć duchowieństwo i szlachtę
12 września 1939 r. podczas konferencji w Illnau (pod Opolem) Hitler podkreślił potrzebę zniszczenia polskiego duchowieństwa i szlachty jako warstw przywódczych Polaków. Warto zwrócić uwagę na „docenienie” roli Kościoła katolickiego, który był postrzegany jako ostoja polskości. Nie pierwszy to i nie ostatni raz w naszej historii wrogowie polskiej państwowości zagrożenie widzieli właśnie w wierze katolickiej. W Illnau Niemcy konferowali także nad innym iście diabelskim planem – Adolf Hitler, gen. Wilhelm Keitel, adm. Wilhelm Canaris i płk Erwin Lahouse zakładali, iż rękami nacjonalistów ukraińskich z OUN uda się zniszczyć w pierwszym rzędzie Żydów, a potem Polaków. Warto pamiętać, iż nauczycielami morderców spod znaku „tryzuba” byli mordercy pieczętujący się ”hakenkreuzem”.
Ostatecznym celem niemieckiego „Generalnego Planu Wschodniego” było utworzenie „Wielkogermańskiej Rzeszy” i ustanowienie tzw. „Nowego Ładu”, którego głównymi założeniami były: hegemonia III Rzeszy od Portugalii aż po Ural i całkowita eksterminacja Żydów oraz eksterminacja większości Słowian. Oczywiście najbardziej znienawidzonymi Słowianami byli Polacy. Niemiecka nazistowska polityka rasowa, opierająca się na założeniach eugeniki, określała jako „niższe rasy słowiańskie – podludzi”. Niemiecki plan odnośnie Polski zakładał, że po wytępieniu duchowieństwa i inteligencji reszta Polaków zostanie sprowadzona do roli niewolników.
Niemcy możliwie szybko chcieli swój plan wdrożyć w fazę realizacji. I tak właśnie zrobili.
Sonderaktion Krakau
Władze Uniwersytetu Jagiellońskiego wkrótce po rozpoczęciu przez Niemców okupacji ziem polskich postanowiły otworzyć uniwersytet w roku akademickim 1939/40. O decyzji tej uczelnia poinformowała władze niemieckie, które nie wyraziły oficjalnego sprzeciwu. Wydawało się, że krajanie Goethego i Hegla nie mają nic przeciwko funkcjonowaniu krakowskiej uczelni.
4 listopada 1939 roku w kościele św. Anny odbyło się nawet nabożeństwo inaugurujące rok akademicki. Senat UJ, starając się nie drażnić Niemców, postanowił nawet przenieść rozpoczęcie zajęć akademickich z 6 na 13 listopada 1939 roku po to, by podczas zbliżającego się Święta Niepodległości 11 listopada nie stało się dla studentów pretekstem do zorganizowania patriotycznej demonstracji, która dla Niemców mogłaby stać się doskonałym pretekstem do akcji wymierzonej w polską uczelnię. Nikt z polskich profesorów nie przypuszczał nawet, że początkowy spokój w relacjach władz uniwersytetu z okupantem jest jedynie cyniczną grą. Niemcy mieli już bowiem opracowany plan wymierzony w intelektualne elity narodu polskiego.
3 listopada rektor UJ prof. Tadeusz Lehr-Sławiński na spotkaniu z dowódcą 2. oddziału operacyjnego I grupy operacyjnej SS-Sturmbannführerem Brunonem Müllerem otrzymał polecenie zarządzenia na 6 listopada ogólnego zebrania wykładowców w celu wysłuchania odczytu o niemieckim punkcie widzenia na sprawy nauki i wyższych uczelni. Zebranie miało odbyć się w sali wykładowej nr 66 im. Mikołaja Kopernika (obecnie sala nr 56 im. J. Szujskiego) w Collegium Novum o godz. 12.00. Większość profesorów zdecydowała się przybyć na spotkanie zorganizowane i zaplanowane przez Niemców po to, by nie demonstrować niechęci wobec władz okupacyjnych. Nikt nie przypuszczał, że jest to perfidna pułapka. Co więcej, niektórzy z profesorów musieli przeciskać się przez kordon niemieckiej policji, która w międzyczasie otoczyła gmach Collegium Novum. Do sali wykładowej nr 66 przybył w asyście sam Brunon Müller. SS-man zamiast wyjaśnień wygłosił jedynie krótkie oświadczenie:
„Tutejszy uniwersytet rozpoczął rok akademicki bez wcześniejszego uzyskania zgody władz niemieckich. Jest to wyraz złej woli. Ponadto jest powszechnie wiadomo, że nauczyciele zawsze byli wrogo nastawieni do niemieckiej nauki. W związku z tym wszyscy, poza trzema obecnymi kobietami (!), zostaną wywiezieni do obozu koncentracyjnego. Jakakolwiek dyskusja a nawet wypowiedzi na ten temat są wykluczone. Kto odważy się na opór wobec wykonania mojego rozkazu, zostanie zastrzelony”.
Następnie aresztowanych naukowców niemieccy policjanci popychając i bijąc załadowali na policyjne ciężarówki i odwieźli do więzienia na Montelupich w Krakowie. Łącznie w ramach akcji aresztowano 183 osoby, wśród których oprócz profesorów Uniwersytetu Jagiellońskiego była także spora grupa wykładowców z Akademii Górniczo-Hutniczej. Ostateczną destynacją polskich naukowców okazał się obóz koncentracyjny w Sachsenchausen.
Międzynarodowe protesty
W obronie polskich profesorów osobiście interweniował u Hitlera Benito Mussolini. O uwolnienie krakowskich naukowców apelowały także Węgry. Osadzenie polskich profesorów w obozie koncentracyjnym stało się międzynarodowym skandalem. O całej sprawie zrobiło się na tyle głośno na świecie, że interweniował Watykan oraz zaangażowały się dyplomacje kanadyjska i amerykańska. Polskich kolegów po fachu bronili także profesorowie niemieccy i hiszpańscy. Ze strony polskiej nie wahał się zaprotestować kardynał Adam Sapieha, a książę Janusz Radziwiłł w obronie krakowskich profesorów interweniował u Hermana Göringa, z którym był skoligacony.
Po międzynarodowych protestach w lutym 1940 roku zwolniono 101 profesorów, kolejnych zwolniono do końca 1940 roku. Oswobodzeni profesorowie przesłali nawet Mussoliniemu album z malarstwem Stanisława Wyspiańskiego, na którym była specjalna dedykacja „Dla Duce”.
Niestety, nie wszystkim profesorem udało się przeżyć akcję Sonderaktion Krakau. Kilku zmarło wkrótce po zwolnieniu z wycieńczenia i chorób, innych zamordowano w obozach koncentracyjnych, bo byli Żydami
Intelligenzaktion, Piaśnica i lwowscy profesorowie
Los polskiej inteligencji, za którą nie miał się kto ująć, był przesądzony. W ramach Intelligenzaktion Niemcy zamordowali około 50 tys. przedstawicieli polskiej inteligencji: nauczycieli, księży, właścicieli ziemskich i działaczy społecznych. Symbolem Inteligenzaktion stały się piaśnickie lasy na Pomorzu, gdzie Niemcy wymordowali około 14 tys. osób należących do polskiej elity. Kolejnych 50 tys. osób deportowano do obozów koncentracyjnych, w których przeżyli tylko nieliczni.
Niestety, z Sonderaktion Krakau Niemcy „wyciągnęli wnioski”. Po zajęciu Lwowa aresztowali kilkudziesięciu polskich profesorów, których pośpiesznie rozstrzelano 4 lipca 1941 roku. Dlaczego? Zapewne z obawy przed ponownymi międzynarodowymi protestami…